Школьная система обучения предоставляет ученикам широкий выбор возможностей для реализации их интересов и отличную возможность для их подготовки к дальнейшей учебе в университетах. В школе есть три основных учебных направления: гуманитарные, естественные и реальные знания. Каждое направление предлагает набор различных предметов с целью дать лучшие знания в области выбранного отделения. В дополнение к обычным школьным занятиям, ученики также должны посещать практикумы, связанные с направлением. Предметы преподаются на эстонском языке. Кроме обязательных предметов можно еще брать курсы по выбору и посещать разные кружки.

В гимназии Хуго Треффнера можно выбрать между тремя направлениями:

Направление гуманитарных наук

Ученики гуманитарных классов сосредоточиваются на литературе, истории, культуре и языках.
Основные курсы:

• Литература
• История
• История искусства
• Философия
• Языки - французский или немецкий для начинающих
• Религия
• География
• Гуманитарный практикум
• Математика

Направление естественных наук

Ученики класса естественных наук получают больше знаний в биологии и химии
Основные курсы:

• Биология
• Химия
• Пищевая технология
• Практикумы по биологии
• Математика

Направление реальных наук

Главная часть их обучение состоит из математики и физики
Основные курсы:

• Физика
• Математика
• Практикумы по математике
• Практикумы по физике
• Черчение